Jörgen Bracker studierte in Marburg, Kiel und Münster Klassische Archäologie, Alte Geschichte und Vor- und Frühgeschichte. Die Promotion erfolgte 1965 in Münster/Westfalen. Von 1965 bis 1976 wirkte er als wissenschaftlicher Mitarbeiter des Römisch-Germanischen Museums in Köln an Ausgrabungen, Ausstellungen und der Einrichtung des Neuen Museumsgebäudes mit.
Von 1976 bis zum Ende des Jahres 2001 leitete er als Direktor und Professor das Museum für Hamburgische Geschichte. Die Neugestaltung der Schausammlungen und die von Katalogwerken begleiteten Sonderausstellungen zur Geschichte Hamburgs vom 9. bis zum 20. Jh. bestimmten sein dortiges Wirken. Seit der von ihm 1989 in Hamburg und Rostock präsentierten Ausstellung „Die Hanse — Lebenswirklichkeit und Mythos“ galt sein besonderes Augenmerk der durch Seeraub und wirtschaftlichen Niedergang gekennzeichneten Krise der Hansezeit um 1400.
Nach seinem Störtebeker-Roman Zeelander legt er nunmehr mit Die Reliquien von Lissabon — Störtebekers Vermächtnis seinen zweiten Roman vor. In ihm wird die weiträumige Verknüpfung der Seeraub-Thematik mit den Ereignissen des Hundertjährigen Krieges aufgezeigt. Dabei stützte er sich auf Urkunden, Bildquellen und die Aussagen von historischen Bauten und Bodendenkmälern.
Auf seinem Krabbenkutter FAHREWOHL VON BÜSUM durchstreifte er die Ostsee-Küstengewässer und das Wattenmeer der Nordsee mit seinen Überwattwegen, um sich anhand der natürlichen Voraussetzungen eine verlässliche Vorstellung von den kämpferischen Auseinandersetzungen zu bilden, in denen die Vitalienbrüder unter ihren Anführern Störtebeker und Goedeke Michel den Hansekaufleuten bald als Verbündete zur Seite, bald als Gegner gegenüber standen.
Jörgen Bracker ist Mitglied von «QUO VADIS Autorenkreis Historischer Roman» und war dort Koordinator des Sir Walter Scott-Preises, der für den besten historischen Roman im deutschsprachigen Raum verliehen wird.
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